Relion

软件简介

RELION（Reconstruction of 3D structures of Large macromolecular complexes using Image-based ONline reconstruction）是一种用于处理单粒子冷冻电镜（Single Particle Cryo-EM）图像数据的软件包。

前提条件

请确保在需要运行桌面类应用的机器上安装有：

• TurboVNC 3.0版本及以上

• 您需要运行的Relion

下面讲解如何配置使用Relion。

配置文件

创建config/apps目录，在里面创建relion.yml文件，其内容如下：

config/apps/relion.yml

# 这个应用的ID
id: relion

# 这个应用的名字
name: relion

# 指定应用类型为vnc
type: vnc

# VNC应用的配置
vnc:
  # 此X Session的xstartup脚本
  xstartup: |
    module purge
    module load ${relion_version}
    echo y | relion
      
# 配置HTML表单
attributes:
  - type: select
    name: relion_version
    label: 选择版本
    required: true
    placeholder: 选择relion的版本
    select:
      - value: relion/3.1.3_openmpi_3.1.6
        label: relion/3.1.3_openmpi_3.1.6
        # 可选配置，若需要区分CPU和GPU的select的下拉项，比如有些版本只能在有GPU的分区有效
        # 将requireGpu设为true，此时该选项会出现在有GPU的分区
        # requireGpu: true
      - value: relion/4.0_openmpi_3.1.6
        label: relion/4.0_openmpi_3.1.6
        # 将requireGpu设为false或者不配置requireGpu，此时该选项会出现在所有分区
        # requireGpu: false
  - type: text
    name: sbatchOptions
    label: 其他sbatch参数
    required: false
    placeholder: "比如：--gpus gres:2 --time 10"