战略发展部负责和支持研究院战略规划的制定，对外开展战略咨询等业务；负责研究院知识产权、标准规范等相关成果的规划与申报等工作；负责研究院的品牌管理、市场宣传、各类外部活动的组织与策划等工作。下设战略咨询中心、成果管理办公室和品牌宣传办公室。
负责计算与数字经济领域战略性、前瞻性重大课题研究，持续跟踪政策、行业和科技发展趋势；持续开展科研管理、战略管理研究，负责制定研究院整体发展规划；为国家主管部门、地方政府和企业提供数字经济相关战略咨询服务。部门人员包括战略规划经理等。
负责研究院科技成果落地的全过程管理和服务，包含知识产权申请、标准化、风险控制、奖项申报、补助申请等工作。部门人员包括知识产权工程师、标准化工程师、法务专家等。
负责研究院品牌建设，包含品牌战略规划、品牌标准化、品牌宣传、品牌活动策划执行、新闻媒体对接等工作。部门人员包括品牌主管等。
应用研发部负责科研成果的产品化设计、市场分析及工程化实现等，负责组织相关系统建设，支持相关工程的研发与实施，实验（工程）设施运行维护和实验技术，支持科研成果转移转化等工作。下设工程技术中心。
负责研究院软件工程和项目的具体实施，并为各研究中心提供产品研发支持，包含产品调研、需求分析、产品设计、软件开发、系统测试等工作。部门人员包括产品经理、研发工程师、测试工程师等。
科研创新部负责引进先进计算与数字经济领域的专家、高水平科研人员等高层次人才在研究院组建研究中心或实验室，负责面向科技前沿的重大基础研究和面向国家或地区产业需求的重大应用研究工作，申请并承担相关科研课题并产出科研成果，支持应用数学产业化落地。下设研究中心或实验室。
依托北京大学的学术影响力和国家高端智库平台，聚焦数字经济与高质量发展、科技创新、数字金融和科技金融、先进计算和前沿技术产业发展等重点领域，提供智库研究、政策建议和战略咨询服务，打造地方政府、产业界和学术界之间的对话交流平台，立足湖南、辐射中部，面向全国，为中央和地方政府提供战略性、前瞻性的智力支撑，致力于成为在数字经济和科技创新领域国内领先和中部地区最有影响力的智库机构。
中心以先进计算技术推动社会经济发展为使命，旨在先进计算领域攻坚克难，研发适配国产硬件的关键技术和应用软件，构建新型国产计算应用生态，将领先算力高效转化为解决科学与工程问题的能力，满足国家和地区的重大战略需求和产业需求，支撑经济社会高质量发展。
中心积极响应“十四五”规划和2035年远景目标纲要，致力于企业数字化转型和传统产业升级的国家战略，通过对典型行业的数字化转型研究，深入理解数据要素的内涵，探索数字经济及相关领域产业应用的实践路径，建设成为国内外一流的数字化转型咨询机构和产业孵化基地，助推中国经济的高质量发展。
中心聚焦医疗健康领域的前沿问题，以临床需求为牵引，凝练、总结、归纳关键科学和数学问题，发挥北京大学数学、机器学习和跨学科交叉的优势，开展面向智慧医疗的前沿算法研究和软件系统的开发，联合国内各大医院，针对性地解决临床上的“卡脖子”问题，研究多模态生物医学数据前沿算法，研发精准诊断的智能辅助系统。
中心坚持以服务国家战略、国计民生及企业数智化转型为使命，面向智能制造、供应链、交通运输、消费零售、芯片研发等领域的智能决策需求，搭建基于运筹优化算法及人工智能关键技术的智能决策产品“智解-智算-智问”，赋能产业数智化转型升级与发展。
中心聚焦开展智能设计领域的战略咨询和技术研发，重点研究智能设计对长沙市、湖南省乃至全国计算与数字经济与社会经济发展环境等的关系问题，探索实现智能化目标的技术路径，将智能设计中心建设成为长沙智能设计领域综合服务平台。智能设计中心具备服务企业技术需求、科技成果转移转化、产业项目孵化、政府决策咨询、公共技术支撑五大功能。
中心旨在探索构建新形势高对抗下的网络安全新体系，为国家安全贡献力量，以建设成为业内前沿技术的策源地、顶端人才的聚集地，服务国家重大战略需求，并以科技创新为核心动力促进网络安全产业发展。
中心旨在通过突破算力网络领域的核心关键技术，建立标准化的算力中心管理范式，打通各算力中心间管理、使用、结算壁垒，实现算力资源跨域统一调配，建立一体化算力网络大市场，进而优化算力资源市场化配置，激活算力网络市场生态，满足国家新型基础设施建设需求，推动我国数字经济高质量发展。
中心旨在推动脑科学和应用统计两个领域的科研成果转化和落地。脑科学领域聚焦于非侵入式脑机接口技术、分析算法和采集设备的研发和推广，以癫痫的人工智能辅助诊断为出发点，积极探索痴呆、抑郁、睡眠等领域的关键需求和解决方案。应用统计领域旨在打通从数据到数据赋能之间的分析瓶颈，挖掘数据中隐含的生产力，重点关注粮食安全、能源安全、低碳环保和先进制造行业的数据科学服务，打造典型案例助力数字中国建设。
服务管理部包括科技开发中心、综合管理中心，为研究院的良性、高速、稳定发展提供重要支持。
负责各科学研究中心相关项目和研究院其他合作项目的管理。部门人员包括项目经理等。
负责研究院创新生态的建设和开展研究院的对外合作。部门人员包括对外合作经理/专员等。
负责研究院相关技术成果的转移转化。部门人员包括技术转移转化人才，如技术经理、技术经纪等。
负责根据研究院的发展规划，管理日常行政事务，负责组织安排各类会议，公函或公文的收发与档案管理，招投标管理工作，办公设施、办公场地等固定资产的购置、管理、维护等，以及其他的后勤保障工作等。
负责根据研究院的发展规划，开展招聘实施、开发培训、岗位聘任、考核评估、薪酬管理、合同管理、档案服务、退休保障等人力资源管理和规章制度建设，以及其他领导交办的工作。
负责根据研究院的发展规划，拟订年度经营计划、制定财务管理规章制度，负责研究院的预算、决算编制和管理、指导和监督各中心/部门编制预算和决算，负责财务数据分析与统计，负责研究院各项资金的管理与核算等。